Ένα από τα κυριότερα θέματα που αντιμετωπίζει ο αρχαιολογικός χώρος του Βρυοκάστρουτης Κύθνου αλλά και γενικότερα κάθε αρχαιολογικός χώρος είναι το θέμα της συντήρησης και αποκατάστασης. Ο καθορισμός των παραγόντων διάβρωσης, της προέλευσής τους, του χρονικού ορίου δράσης για τηναντιμετώπιση των προβλημάτων αλλά και συναφών θεμάτων συντήρησης όπως ποια είναι τα κατάλληλα υλικά αντικατάστασης ή πλήρωσης είναι τα καίρια θέματα συντήρησης που αντιμετωπίζει κάθε φορέας πολιτισμού. 

Στόχος του έργου είναι η διατήρηση/συντήρηση και προστασία της πολιτιστικής κληρονομιάς, με την έγκαιρη και έγκυρη πρόληψη της φθοράς των μνημείων (κινητών και ακίνητων) σε σχέση με τις διαχρονικές αρχαίο-μικροκλιματικες παραμέτρους, τη διαχρονική ανασύσταση του παρελθόντος μέσω της μελέτης των αρχαιολογικών ευρημάτων και των ανθρώπινων καταλοίπων και την εικονική ξενάγηση στο χώρο και στον χρόνο.